Kimika Kuantikoa eta Biologia!

Suedian egon nintzen aurreko astean, kongresu batean. Kimiko kuantiko eta teorikoz beteta.

- Ziur hauek ekuazioz beteriko txarlak izan dituztela!!! - pentsatuko duzue.

- Ez ba! - erantzuten dizuet nik.

Eta horrela izan da. Ekuazio gutxi, bai. Bakar batzuk bai, ordea. Aizue, ekuaziorik gabe, matematikarik gabe, ez dago Kimika Kuantikorik! Eta, zer demontre, guri gustatzen zaizkigu! Baina lasai egon zaitezte. Beti bezala, sarrera honetan ere, ez duzue ekuazio bakar bat ikusiko. Baina, ekuazioak hizpide ez baditugu, zertaz aritu ote gara? Beno, izenburuan ikus dezakezuenez, Biologiaz (biokimikaz, konkretuki). Kimika Kuantikoa honetan ere aplikatzen ahal dugu? Bai ba. Ondoren kontatuko dizuet bertako nondik norakoak, eta zertaz aritu izan garen.

Igande arratsaldea zen, ekainaren 23a. Loiun bildu ginen bost lankide, Göteborg-erako bidean. Jesus, Xabi, Joni, Jon eta ni neu, THEOBIO-2013 konferentziara joateko asmoz. Bertan, orain Suitzan lanean dagoen taldekide ohi batekin, Elenarekin, topatu ginen. Jonik, Elenak eta nik txarla bana genuen, eta Jonek, posterra. Jesus eta Xabi, libre egonen zirela uste zuten baina... etzen horrela izan, gero ikusiko dugun moduan!!!!

Baina, zer da TheoBio 2013? TheoBio laburdurak "Theoretical Biophysics"-etik dator, eta noski, 2013 urtea. Bai, Biofisika Teorikoa. A zer nolako hitzak asmatzen ditugun zientzilariok! Kongresu honek 6. aldia zuen, Donostia, Örebro, Cetraro, Roscoff eta Madeiraren ondotik. Antolatzaileen Komite Internazionala dago, bere oinarrian, Jesus euskalduna, Leif suediarra eta Nino italiarrak osatua. Bere helburuak, web orrialdetik itzulita:

TheoBio kongresuen helburua sistema biologiko, biokimiko eta biofisikoen simulazioen eremuetan lorturiko azken aurrerapen berriak aurkeztea da, bai metodologikoki bai aplikazioen ikuspuntutik, eskala anitzak erabilita, molekuletatik sistema mesoskopikoetara. Esperimentalistak ere ongi etorriak dira kongresu hauetara, teoria eta esperimentuen arteko harremana garatzeko eta indartzeko.

Gainera, ikertzaile gazteoi, bai doktore gazteoi bai doktoretza egiten ari direnei, aukerak emateko bokazioarekin sortu zen kongresu hau. Beste batean aritu ginen zeinen garrantzitsua den ikertzaile baten formazioan aukera hauek izatea. Jonentzat, gainera, bere lehen kongresua zen. Bere doktoradutzaren lehenengo urtean, posterra bere kabuz aurkeztea esperientzia ona izan da.

Jesus antolatzaileetako bat izanik, bertan lana zuen, txarla edo posterra eduki gabe. Baina Xabi? Xabi txarlak entzutera zihoan, posterrak irakurtzera, bertze ikertzaileekin mintzatzera... baina sorpresa bat izan zuen! Berak, eta Jesusek. "Chairman" hainbat sesioetan izateko eskatu zien Leifek. Baina, zer da "chairman" izatea? Hizlari bakoitzaren aurretik, aurkezpena egiten duen arduraduna da (irudian, Jesus ikusten ahal duzue hizlari bat aurkezten). Honetaz gain, txarla bakoitzari dagokion denbora bete dadin kontrolatzen duen pertsona da, eta galderak moderatzen dituena. Sinplea dirudi, baina hizlari eta entzuleen arabera, gauzak konplika daitezke! Zorionez kongresu honetan denak nahikoa txintxo izan gara... baina beste batzuetan egoera kafkianoak sortu izan dira (gutxienetan). Niri ere beste kongresu batzutan tokatu egin zait, eta egoera bitxiak bizi izan ditut. Baina hori, beste egun baterako utziko dugu.

Zer nolako gaiak jorratu dira?

Egon diren txarlen eta hizlarien listari begira, gai heterogeneoak jorratu dira: farmako berrien diseinua, hainbat entzimen funtzioa, etab. Tamaina eskala desberdinak erabiltzen direla aipatu dizuet, milaka atomoz osatutako simulazioetatik, molekula "txikietara". Denari buruz hitz egiteko lekurik ez dudanez, gure taldekoek zertaz aritu ginen laburtuko dizuet. Beheko irudietan, Elena, Joni eta ni, gure txarlak hastear ginela, ikus gaitzakezue.


Hasiera batean, laburpen luzea egitea pentsatzen nuen. Idazten hasita, ordea, konturatu naiz beraiek askoz ere modu hobeagoan azaltzen ahal digutela. Hortaz, Elena eta Joni, sarreratxo bat idatzi beharko duzue blog honetan, hemen aipatuko duguna ongi azaltzeko! (Jada, ez duzue ihesbiderik!)

• Elena, gure taldean tesia egin ondoren, Suitzara joan zen post-doktoradutza egitera. Ikertzaileok hau derrigorrezkoa dugu ikerkuntzan karrera bat nahi badugu egin. Orain, bere hirugarren urtea burutzen ari da ETH Zurich erakundean, Luganoko zentroan. Ezkerreko irudietan, goian, bere txarla ematen ikusten ahal duzue. Txarlaren izenburua "The Energy Landscape of Adenylate Kinase Modulated by Mg, ATP and AMP" izan zen. ATP (adenosin trifosfatoa), zelularen energia unitate bezala kontsideratzen da. Kinasa Adenilato entzimak honen kontrolean parte hartzen du (behean, ezkerreko irudian, entzima honen egitura ikusten ahal duzue). Berak, prozesu honen inguruan eginiko lana azaldu zigun. Kontutan hartu behar dugu lan hau guztia ordenadorez egindako simulazioak direla. Baita irudian ikusten den entzimaren egitura ere.

• Joni UPV/EHU-ko Kimika Teoriko taldean dago, ni bezala. Berak ere atzerriko ibilbidea egin zuen ere, Bristolen bi urte eta piko pasa zuelarik. Bere hitzaldiaren izenburua "Protein Splicing: an Ancient Efficient Self-Catalytic Process". Berak hobekiago kontatuko digu zertan datzan prozesu hau, baina, laburtuz, goian eskuineko irudian ikus dezakezue. Biologikoki inaktiboa den proteina bat aktibatu egiten da bere baitan dagoen segmentu bat kanporatuta. Jonik hau hainbat proteinentzat aztertu egin du, proteina osoak simulatuz. Hortaz, Elenak bezala, sistema handiak eta "osoak" aztertzen ditu. 

• Gure lanen laburpenarekin bukatzeko, nik erradikal libreek proteinetan eragiten dituzten kalteei buruz aritu nintzen. Txarlaren izenburua "Computational Study of the Attack of OH Radical on Aromatic Aminoacids" izan zen. Nik hau aztertzeko, proteinaren zati bat bakarrik hartu nuen, konkretuki, behean ikus dezakezuen irudia. Aurrerago azalduko dizuet ikerkuntza honen nondik norakoak. Bakarrik esan, beheko irudian OH erradikalaren erasoa aztertzen dugula, Fenilalanila izeneko aminoazido batean. Eraso mota hauek hainbat gaixotasunekin lotuta daude, hala nola, Diabetes Mellitus, Parkinson, Alzheimer... baina beraien eragina ez da ezaguna.

Gaur agian luzeegi noa, eta gauza dexente utzi ditut aipatu gabe. Beste baterako utziko dut kongresuan zehaztutako kolaborazio interesgarria. Daniel dos Santos portugaldarrarekin, Malaria gaixotasunaren inguruko projektu batean parte hartzeko aukera sortu zait. Helburua: zergatik parasitoak farmakoei erresistenteak bihurtzen diren ikastea, hau ekiditeko. Zientziarekin bukatzeko, zera ondorioztatu nahiko nuke: Kimika Kuantikoak arazo biologikoetan aplikatu daiteke. Hori bai, gehienetan, Teorikook modeloetaz eta metodoetaz gehiegi kezkatu behar gara, eta arazo biologikoa ez dugu sakontasunean ezagutzen. Horra, biologo eta biokimikoekin elkarrekintza derrigorrezkoa dugu!

Kongresuetan, alde ludikoa dago ere bai. Garagardoak, anekdotak... eta batzuk dibertigarriak, kuriosoak... baina gaur ez ditut kontatuko. Nahi baduzue, beste batean kontatuko dizkizuet, ez kongresu honetakoak, baizik eta beste askotan gertatu zaizkidan gauza kuriosoak eta barregarriak (zientziaz pixka bat ahaztuta). Baina horretarako, lehenago Joni eta Elena sarrera bana idazten konbentzitzen lagundu behar nauzue. Horretarako, mesedez, idatzi sarrera honen ondoren zuen komentarioak Joni eta Elena animatuz! Gutxienez bost pertsonen komentarioak lortuta, nik sarrera hori idatziko dut. Eta istorio batzuk ez naute ni ongi utziko.... ala bai? Bakarrik esaten ahal dizuet, nire ustez, pena merezi dezakeela!

Descargo de responsabilidad: He utilizado las imágenes sin ánimo de lucro, con un objetivo de investigación y estudio, en el marco del principio de uso razonable - sin embargo, estoy dispuesto a retirarlas en caso de cualquier infracción de las leyes de copyright.Disclaimer: I have used the images in a non for profit, scholarly interest, under the fair use principle - however, I am willing to remove them if there is any infringement of copyright laws.